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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2012.9
- 수록면
- 1 - 7 (7page)
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본 논문에서는 단백질 분자 간의 인터페이스를 계산하는 알고리즘을 제안한다. 분자가 반데르바스 (van der Waals) 반경을 갖는 구의 집합으로 표현될 떄, 공간 상의 한 점 p로부터 분자까지의 거리는 p로부터 가장 가까운 구까지의 거리에 대응한다. 분자 인터페이스는 두 개의 분자에 대해 같은 거리에 있는 점들로 구성된다. 제안된 알고리즘은 공간을 복셀의 집합로 분할한뒤, 각 복셀을 지나는 구의 위치 정보를 저장하여 복셀맵 (voxel map)을 구성하였다. 복셀맵을 이용하여 한 점으로부터 분자까지의 거리를 계산하며, GPU (graphic processor unit)를 이용하여 병렬처리를 수행함으로써 효율적으로 인터페이스를 근사한다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. 복셀맵의 구성 및 활용
3. 분자 인터페이스의 계산
4. 실험 결과
참고 문헌
참고문헌 (10)
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1. [학술지(정기간행물)] - W. E. Lorensen / 1987 / Marching Cubes: A high resolution 3D surface construction algorithm / Computer Graphics 21 (4) : 163 ~ 169
2. [학술지(정기간행물)] - M. Petrek / 2006 / CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities / BMC Bioinformatics 7 : 316 ~
3. [학술대회논문] - C. Bajaj / 2009 / A dynamic data structure for flexible molecular maintenance and informatics / Proceedings of SIAM/ACM Joint Conference on Geometric and Physical Modeling
4. [학술지(정기간행물)] - D. Levine / 1997 / Stalk: an interactive system for virtual molecular docking / IEEE Computational and Engineering 4 (2) : 55 ~ 65
5. [학술지(정기간행물)] - H. Nagata / 2002 / Concept and prototype of protein-ligand docking simulator with force feedback technology / Bioinformatics 18 (1) : 140 ~ 146
2. [학술지(정기간행물)] - M. Petrek / 2006 / CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities / BMC Bioinformatics 7 : 316 ~
3. [학술대회논문] - C. Bajaj / 2009 / A dynamic data structure for flexible molecular maintenance and informatics / Proceedings of SIAM/ACM Joint Conference on Geometric and Physical Modeling
4. [학술지(정기간행물)] - D. Levine / 1997 / Stalk: an interactive system for virtual molecular docking / IEEE Computational and Engineering 4 (2) : 55 ~ 65
5. [학술지(정기간행물)] - H. Nagata / 2002 / Concept and prototype of protein-ligand docking simulator with force feedback technology / Bioinformatics 18 (1) : 140 ~ 146
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